東京の表玄関とも言うべきターミナル駅で、JRは在来線が地上5面10線と地下4面8線の合計9面18線、新幹線が地上5面10線、東京地下鉄が地下1面2線のホームを有しています。面積は東京ドーム3.6個分、平日の1日あたりの発着列車本数は約3,000本（日本一）という、日本を代表する駅の一つです。
JRでは東京駅を「中央駅」と位置付けていて、国鉄時代から列車の進行方向を示す「上り・下り」の基点となってきました。現在中央本線は当駅 - 神田間は戸籍上東北本線となっていますが、起点であった東京駅へ向かう列車が引き続き上りとされています。なお、「中央駅」である東京駅は東京都区内および東京山手線内各駅を発着するJR線長距離乗車券の運賃を算出するためのキロ数基準駅ともなっています。
将来的には、東北本線列車線の秋葉原 – 東京駅間を再建させ、、一部列車が東海道本線と直通運転する計画があると発表されています（東北縦貫線計画）。実現すれば、1973年以来の南北直通列車の復活となります。

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